不扣。社会保障卡的金融功能不收取卡的年费和小额账户管理费。
社保卡的医疗和金融两个账户是独立的，银行无法跨账户扣费，因此不会出现社保卡的金融账户年费从医保账户中扣除的问题。
社保卡即中华人民共和国社会保障卡，是指由人力资源和社会保障部统一规划，由各地人力资源和社会保障部门面向社会发行，用于人力资源和社会保障各项业务领域的集成电路（IC）卡。社保卡的持卡人可凭卡进行医疗保险个人账户实时结算、办理养老保险事务、办理求职登记和失业登记手续等。
办理社保卡需要的材料如下：
1、填写完备的社会保障卡发行注册申请表；
2、社会保障卡发行筹备情况说明；
3、符合全国统一规范要求的应用领域和卡内应用文件结构（包括本地扩充的应用领域和指标）；
4、按照统一要求设计的卡面样式；
5、本地区社会保障卡管理办法和实施细则；
6、人力资源社会保障部要求提供的其他材料。
法律依据：
《中华人民共和国社会保险法》
第四条
中华人民共和国境内的用人单位和个人依法缴纳社会保险费，有权查询缴费记录、个人权益记录，要求社会保险经办机构提供社会保险咨询等相关服务。
个人依法享受社会保险待遇，有权监督本单位为其缴费情况。
社保卡激活后扣年费吗? 在发放社保卡时会给每人配发一份社保卡使用说明,其中有写明社会保障卡的金融功能不收取卡的年费和小额账户管理费。
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