医疗器械的经营许可制度中，第二类经营备案凭证和医疗器械经营企业许可证存在显著区别。首要不同在于申请条件和管理要求。自2014年起，经营第二类医疗器械，企业通常只需提交第二类医疗器械经营备案表，而非全面申请许可证。对于那些在流通环节安全性、有效性可通过常规管理保证的少数第二类医疗器械，可以无需《医疗器械经营企业许可证》。
备案管理方式上，企业需要向所在地设区的市级食品药品监督管理部门提交符合备案要求的材料，备案内容主要包括备案表和相关文件。而对于不需许可证的第二类医疗器械，国家食品药品监督管理局会制定产品名录进行管理。
申请流程方面，设区的市级食品药品监督管理部门会现场核对备案材料的完整性，如符合条件，会给予备案并发放第二类医疗器械经营备案凭证。至于许可证的发证、换证、变更和监管，这部分工作则由省、自治区、直辖市的食品药品监督管理部门负责。
以上信息来源于百度百科对第二类医疗器械经营备案和医疗器械经营企业许可证的解释，供您了解这两者间的区别。
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